Консоль тоже есть, как же без неё. Но она не такая удобная, как в браузере. Я разрабатывал в WebStorm7, и мне не хватало той консоли, были проблемы с сильно вложенными объектами.
Может пригодиться Node Inspector.
Посмотрите также статью Нормальное профилирование node.js приложений, в ней описаны некоторые подходы.
