К сожалению, приложить какой-то код/скрин/видео не представляется возможным, поэтому придется гадать на кофейной гуще и надеяться, что кто-то сталкивался с аналогичной проблемой и решал её.
Трабл крайне неочевидный и воспроизводится через раз, но происходит следующее:
Есть блок с прокруткой (overflow-y: auto). В нём есть блок, который больше родительского и, таким образом, вызывает появление скроллбара.
При прокрутке, дочерний блок рендерится частично (как правило только верхняя часть) и - самое странное - остальная часть блока становится видимой только при наведении на него мыши. Никаких hover эффектов нет, разумеется, обычный блок с контентом. В хроме всё окей.