VBS/AHK/Autoit вам в помощь.
Через инспектор (AutoIt Window Info Tool и/или Process Explorer) находите нужное окно, а потом одной строчкой
(пример для Autoit) WinMove ( "<заголовок окна в кавычках>", "", 0,0) возвращаете окно.
Возможно придется поиграться с WinSetState / WinSetTrans, это уже зависит от вашей программы.