Если у вас есть ORM - то загружаете сущность, обновляете пришедшие в запросе поля, сохраняете в БД. Два запроса (на чтение и на апдейт).
Если работаете на уровне обычных SQL-запросов, то делаете что-то вроде:
UPDATE table SET field1=value1, field2=value2, ... WHERE id=idvalue;
где блок после SET собираете динамически в зависимости от того что пришло в JSON (и это вовсе необязательно делать текстом, например такая библиотека как jooq предоставляет удобный API для сборки подобных запросов)