На бэкенде нет особой разницы, куда класть.
Вариант раз: в открытом виде в переменные среды, appsettings, или любой другой конфиг. Для удобства можно в base64 закодировать, но не обязательно.
Вариант два: секурно, но сложно. Используя внешний сервис наподобие
Vault или
Azure Key Vault.
UPD: совсем забыл. Никогда не коммить секреты в гит. Если закоммитишь и забудешь - замучаешься вычищать.
Именно по этой причине они должны быть в отдельных файлах храниться, а не в коде. А сами файлы - записаны в .gitignore