.net это framework, который включает в себя библиотеки, утилиты, компиляторы, виртуальную машину
clr и целую философию microsoft, которая объединяется средой разработки visual studio
у .net есть opensource часть, которая поддерживается даже майкрософт (но скорее всего только ради послаблений антимонопольного комитета) например gnome в linux активно использует mono project, инструментарий, позволяющий запускать clr приложения (а при наличии библиотек от майкрософт даже собранные для windows) кроссплатформенно.