Почитайте подробней про гит, как он работает и зачем он нужен. Если кратко, то вы должны:
1. Добавить файлы в репозиторий у себя компьютере и сделать коммит. При создании репозитория в гитхабе даны подробные инструкции, как это сделать:
2. Залить изменения на гитхаб (git push -u origin main)
3. на удаленном сервере сделать git clone (если ещё не делали это) или git pull.
WinSCP вам теперь не понадобиться, вам нужно подключиться к серверу по ssh и там воспользоваться командной строкой. Командная строка есть в винде по умолчанию