Открой svg в illustrator. Нарисуй поинты какие хочешь. Сохрани в svg. Открой в текстовом редакторе. Найди поинты добавленные присвой им id или класс. Можешь управлять ими через js или css.
Если карта совпадает с земной, ее можно привязать к реальным координатом lat lng, и конвертнуть в geodata, например, если необходимо. Ну и потом можно на ней любые вещи накладывать по реальным координатам.