Zend encoder давно не существует. Zend Guard вполне успешно вскрывается (правда не в курсе на счёт его последней версии).
Также вскрывается и ioncube и sourceguardian (только тулз для этого нет в паблике).
Самый лучший способ это ввести активацию продукта на офф сайте и развивать проект, регулярно выпуская апдейты. Тогда народ будет тащиться а пираты задолбаются делать диффы.
+ в сочетании с грамотной ценовой политикой данный подход сделает пиратство чуть менее чем бессмысленным. В наше суровое время умные люди продают не продукт, а апдейты к продукту