У папки internal есть четкое и определенное назначение, там должны быть внутренние пакеты которые вы не хотите чтобы были доступны для других проектов. Подробнее
тут
По поводу структуры. Храните где угодно и где удобно, главное чтобы структура была логичной. А в том репо, с так называемой рекомендованной структурой, не шуточный холивар, что это не рекомендуемая структура и тем более ни имеет ни какого отношения к стандарту, с чем я лично согласен.