Я делаю билд моего PyQt приложения с помощью Pyintaller. Я указал в spec файле необходимые ресурсы, в том числе папку со значками. В итоге в билде их нет. В программе я устанавливаю значки так:
self.setWindowIcon(QtGui.QIcon(r"icons\icon.png"))
self.NewEvent.setIcon(QtGui.QIcon(r"icons\new.png"))