Или же можно вообще обойтись без папок desktop.blocks и touch.blocks и просто и создать папку blocks
Да, так проще и удобнее.
...и там создать media.scss и именно для header-а прописать свойства для адаптива и через webpack подключить ее?
А вот тут лишнее усложнение. Медиазапросы можно прописать в header.scss. Отдельный media.scss не нужен.
1) если есть желание делать по БЭМ, то в
документации вполне подробно написано про варианты файловой струкртуры. Про отдельные файлы со стилями медиазапросов там нет.
2) отпадает вопрос с Webpack.
3) нет 100% правильного варианта, делай чтобы тебе и тем кто будет работать с твоим кодом было удобно поддерживать проект.