Создаёте PUG-файлы страниц, как с HTML:
1. index.pug
2. about.pug
2. catalog.pug
В сборке(dev и prod) это будут HTML-страницы
1. index.html
2. about.html
3. catalog.html
Так как в браузере никакого PUG нет, сборка делает HTML-страницы, то в браузере вы смотрите на HTML-страницы. В связи с этим вам нужно указывать ссылки на эти страницы:
<ul>
<li><a href="index.html">Главная</a></li>
<li><a href="about.html">О нас</a></li>
<li><a href="catalog.html">Каталог</a></li>
</ul>