Как относиться к таким ошибкам?
Игнорировать и не пользоваться валидаторами вообще - они все неадекватные.
Есть, конечно, вероятность, что у вас сборка настроена на какие-то очень древние браузеры и в реальном мире префиксы для каких-то свойств давно не нужны, а вы их добавляете, но даже в этом случае ничего плохого с вашим сайтом не произойдёт.
Стоит ли отключить префиксы?
Ни в коем случае.