exec("sed ':a;N;s/,\n)/\n)/g'");
Проблема в том, что почему то \n не работает здесь. Я и подумал, что дело в \n и кавычках, так как если я убираю \n, то все работает. Сама же регулярка отрабатывает в обычной консоли как нужно. Но чтобы в exec использовать команды, нужно обертывать их кавычками, но и \n работает только в двойных кавычках, но и в то же время нужно отделять кавычками паттерн регулярки.