IDEA он является средой разработки на С++ вы работаете на JRE(джава, инструмент запуска) так и с jar-ником(он работают в виртуальной машине по этому он там так выглядит), можете в exe собрать (объединить JRE и Jar). Мой выбор в сборщике является Jar2exe. Или по другому среда использует exe а вы используете виртуальной машиной JRE в jar(оболочка).