Попробуйте вызывать такой метод:
/**
* Sets the current system look and feel properties
*/
public static void setSystemLookAndFeel() {
/* Get the default operation system style */
final String uiName = UIManager.getSystemLookAndFeelClassName();
/* Set this default current style for our task */
try {
UIManager.setLookAndFeel( uiName );
} catch ( Exception ex ) {
System.err.printf( "--- Can't set GUI default system style (%s):%s%n", uiName, ex.getMessage() );
}
}
Где нибудь в начале конструктора JFrame главного окна программы.
Может, проблема отпадёт и всё станет хорошо.