скорее всего нарушена очередность или зависимость подгрузки js скриптов.
Т.е. у вас возможно сначала загружается и отрабатывает скрипт, не видит, к примеру, jquery и благополучно рассыпается, потом грузится jquery ни для кого.
Рекомендация выполнение скрипта завернуть в document ready или onload...
Можно посмотреть тут как это делают
Напоследок совет - прежде чем подключать флекс 10 раз подумайте как сделать то же самое без него. Флекс технология с подвохом. Особенно когда его разворачивают по вертикали.