Не стоит забывать что многие дистрибутивы одной линейки с разными оболочками отличаются друг от друга различными утилитами, которые разрабатывает конкретно их сообщество. Но это далеко на самый первый критерий.
Линукс - очень модульная система. Большинство пользователей, скажем так, "чистюли". Для человека пришедшего с Windows по началу, возможно, это сложно понять, но в основе этого лежит принцип
разделяемых библиотек . Проще говоря различные пакеты Linux не изобретают костылей и не повторяют однообразный код, уже реализованный в другом пакете. Все что делается - подключается нужный фунционал из них. Это крайне мощный механизм, позволяющий не только сократить время на разработку, но и увеличить чистоту и качество кода (человеческий фактор никто не отменял), быстродействие, производительность с уменьшением размера пакетов и это тот факт который делает линукс таким масштабируемым.
Именно в силу этих особенностей дабы не тянуть кучу не нужных библиотек засоряя систему пользователи выбирают конкретную уже готовую реализацию нужно им дистрибутива с той оболочкой которую используют они.