Это можно сделать по-быстрому модифицировав сорцы фреймворка
файл
vendor/laravel/framework/src/Illuminate/Database/Connection.php
модифицируем метод run (строка 620)
protected function run($query, $bindings, Closure $callback)
{
$query.= '-- this is test comment';
// остальной код
После этого ко всем запросам будет цепляться комментарий.
Чтобы сделать это по-правильному надо идти в config.app и писать кастомный провайдер, который заменит
Illuminate\Database\DatabaseServiceProvider::class
разбираться с db.factory и прочим ларавеловским дрочевом, но мне просто лень это делать, просто указал куда копать.