Есть вложенная папка и в ней файл.
При попытке подняться в корень '../../folder/foo.js' - получаю ошибку, что нет такого файла.
Но при path.join(__dirname, '../../folder/foo.js') - находит файл.
Из-за чего так и можно обойтись без path?
Важно знать каким образом вы обращаетесь к файлу. Но готов предположить что это что-то типа fs.readFile. Если передать относительный путь в большинство функций модуля fs, то файл будет резолвиться относительно рабочей директории проекта. Рабочую директорию проекта можно узнать выполнив process.cwd().
Рабочая директория проекта обычно не меняется от модуля к модулю.