Все то же, что и с гитом - если, например, запускать через phpStorm, то все будет чуть наглядней. Будут видны файлы, сами контейнеры и что-то ещё. Однако, все это мелочи и иногда проще через консоль всё запускать - хотя, тут субъективно, лично я не стал пользоваться графическим модулем в IDE, хотя с тем же гитом пользуюсь.
Иначе говоря, вопрос вкуса