Брр че кого ДНС запись без SOA быть не может это заголовок!
че за хрень вам регистраитор написал.
Настройки SOA прям в свойстве домена.
ВАм нужно добавить кастом в него ? просто поправьте шаблон
cp /usr/local/ispconfig/server/conf/bind_pri.domain.master /usr/local/ispconfig/server/conf-custom/bind_pri.domain.master
vim /usr/local/ispconfig/server/conf-custom/bind_pri.domain.master