Понятно что это не очень-то похоже на решение проблемы, но вариантов как я вижу 3:
1. Поставить ограничение на количество позиций в заказе(в большинстве случаев это и есть решение, для оптовиков это не удобно, но зато работать все будет более менее штатно)
2. переписать оформление заказа разбивая его на несколько
3. переписать обмен заказами с 1С чтобы сбор заказов был не налету, а подготовленные файлы, в этом случае если заказ большой, чтобы он отдавался только один