Вопрос задавал давно, отвечу сам, вдруг кому пригодится.
Битрикс не распределяет товары по складам при складском учете. Необходимо писать обработчик и самостоятельно раскидывать товары.
При включенном учете, при редактировании заказа в админке, в нем отображаются поля для выбора склада. Менеджер может установить другой склад для каждого товара, выбрав нужный в выпадающем списке. В списке будут склады, по которым для данного товара есть остаток.