Сам спросил - сам ответил.
Для выгрузки групп номенклатуры в том виде, как они заданы в 1С, в настройках обмена не нужно указывать "Пользовательские группы товаров". Просто оставить в "Разделы инфоблока" корневой раздел без назначенных товаров, как это задано по-умолчанию.
Список групп для выгрузки настраивается отбором. Указываем настройки отбора:
Номенклатура - В группе из списка - <список "корневых" групп каталога>
Склад - в списке - <склады, которые выгрузить в битрикс>
Остаток - больше - 0
И в последней строке, в "Отбор" можно указать Номенклатура.Пометка удаления - равно - Нет. Больше в ней ничего не указывал, т.к. тот же "Остаток" при выгрузке выдавал ошибку "Поле Остаток не найдено".
Если после настройки отбора на сайт попадают товары, которых быть не должно, следует проверить, не остались ли пакеты выгрузки с прошлого обмена. Если остались, выделить и удалить.