Тут все просто -)
Yota.
Yota ограничивает загрузки во время загрузке канала.
К примеру у меня скорость yota скачивания будет 10 мегабит, если я начну качать торрент, то скорость упадет в разы, чуть ли не 512 килобит, НО если это будет ночью, то скорость будет максимальной 10 мегабит или 1,2 мегабайта.
Думаю как раз из за этого и медленно скачивается данные из за репозитория ubuntu.
