Сначала тебе нужно понять что такое VDS, а в твоем случае думаю даже не он а VPS и тебе все станет понятно
Ну а в ответ, ручками, через ftp, ssh, ну а для продвинутых docker и git
Думаю и мануал не нужен, там главное это знать что и как работает. В части переноса шаред ничем не будет отличаться от VPS. Тот же ftp теже папки, таже бд, только все это находится в изолированном пространстве виртуального или физического выделенных серверов
