Если на рабочем компьютере стоит Убунта а на сервере Debian какой софт использовать для точного воспроизведения серверного окружения?
И как заливать изменения в проекте на сервер? С помощью GIT?
Для точного воспроизведения серверного окружения используется Docker.
Заливать чем вам удобно, зависит от многих параметров. Git может быть как вариант.