1) разбираемся для чего каждый файл нужен, пытаемся прикинуть общую картину, из чего состоит проект (какие компоненты, модули и т.д.). В этом нам могут помочь многочисленные статьи и официальная документация. описывающая архитектуру проекта.
2) далее углубляться нужно исключительно по каким-то причинам а не просто так. Скажем если вас интересуют какие-то конкретные вещи. Например... зачем вам изучать устройство MyISAM просто так если его уже мало кто использует?
В целом же
fshp правильно все сказал.
