Не знаю как с magento, но довольно хорошо знаком с opencart'ом.
Просто поделюсь личным опытом о том что в итоге пришлось допиливать:
- Во-первых у движка нет встроенных средств для массового добавления/обновления товара, при прайсе в 3000 товаров это критично, поэтому в итоге пришлось купить модуль (800р) и обновлять цены с наличием через xml-файлы (копать в сторону прямой синхронизации с 1С я попросту не стал).
- Ajax-поиск, к счастью модулей бесплатных предостаточно, поэтому особых проблем это не вызывало
- Пожалуй одним из самых главных недостатков движка можно назвать - методы доставки и оплаты, их система в движке устроена так тупо, что нельзя просто взять и создать метод оплаты/отправки с необходимым названием, что-то приходится допиливать вручную, а что-то и вовсе устанавливать отдельно.
- Регистрация и заказ - встроенный вариант слишком муторный и требует от пользователя слишком много ненужной информации, поэтому в итоге был куплен модуль, позволивший упростить этот процесс под свой вкус.
- Лишние элементы - например кнопки "добавления в закладки" и "добавления в список сравнения" пришлось убирать вручную, напрямую редактируя код.
- Дизайн - многое конечно пришлось редактировать самому, но справедливости ради, в той или иной мере это придется делать абсолютно в любом движке.