Мне кажется, каждый делает как ему удобно. Я, например, сначала верстаю шаблон в обычный html документ, независимо от того, на какую CMS он будет устанавливаться. После, адаптирую верстку под структуру CMS. Например, верхнюю статическую часть вставляю в шаблон контроллера Х в CMS и тд.
