У меня была схожая ситуация. Выключение 100% связано именно с тем, что SBS обязан быть (по лицензии) контроллером домена. Главным и единственным. Причем он будет постоянно проверять ДНС на предмет того, что вес его адреса был меньше чем выставленный руками.
Я сходу не смог нагуглить решение, но в прошлый раз это решалось отключением какого-то системного процесса и захватом owner-а определенной ветки реестра, закрывая доступ к ключу системе. После этого он стал работать как вторичный и мы нормально с него смигрировали на 2к8.
Можно опять же из 2к3 сбс сконвертить в не сбс, при условии что это не R2. R2 нельзя было уже, надо было именно переставлять.
