А по моему, лучший вариант создать задание на кроне, создать два разных конфиг файла - один с рабочими настройками, а другой - редирект всех запросов на страницу по умолчанию типа Index.html, в которой писать - "извините, идите спать".
по заданиям менять файлы конфигов и рестартовать nginx, чтобы он перечитал настройки.