Всё же платформу тоже нужно учитывать: если node.js, то я взял бы монгу. Javascript обьекты и nosql базы можно сказать братья) Работать с ними будет очень удобно. Я бы даже предложил взять очень классный модуль для сериализации обьектов в монгу:
ClassJS. Смотрите как просто создаются модели для Ajax транспорта и MongoDB драйвера
gist
Если же нужно очень много взаимосвязей между таблицами, то в nosql базах это будет сложно настроить. Лучше выбрать тогда MySQL.
