Зачем вызывать index.php, анализировать его и делать редирект в хтацессе (этого совершено не нужно)?
Судя по этому, а также по "другие редиректы" могу сванговать что сайт сделан не профессионально. Т.е . имеет кучу ошибок. Поэтому на вопрос
В чем может быть дело?
Ответ: В чём угодно.
Как минимум не видя сайта можно долго гадать. Но даже увидев его снаружи сложно будет сказать наверняка. Нужно смотреть изнутри, провопить профилирование.
