Нормальное решение - сетевая загрузка (PXE) и подсовывать нужный конфиг. Можно даже использовать загрузчики типа ipxe, которые умеют качать файлы по http. Но для одно компа это может оказаться чересчур.
Как вариант, можно было бы настроить grub, чтобы он загружал систему из "saved", и тогда можно было бы менять командой grub-set-default, затем перезагружать. Но это сохраняется в файл, который из-под Windows будет недоступен.
Думаю, проще одну из систем поставит в виртуалку в другой, тогда обе могут быть доступны постоянно.
