Кроме прямых клонаторов, годится любая утилита для создания полного образа диска. Создаёте образ целевого диска, затем выгружаете его на другой диск, который станет клоном. Всё.
Проблема бесплатности отлично решается применением любого популярного ремонтно-восстановительного LiveDVD или LiveUSB. Как правило, у них на борту находится подборка из нескольких сотен утилит, способных помочь в решении тысяч компьютерных проблем, в том числе и вашей. Там обычно присутствует и множество платных утилит, которые в среде WindowsPE почему-то работают бесплатно.
Для правильного вопроса надо знать половину ответа
sfdisk/sgdisk для переноса таблицы разделов
dd, ddrescue для копирования сектор-в-сектор
partclone для умного копирования разделов
Clonezilla для всего этого вместе
