Что будет?
Криво обработанная вёрстка, жалобы, что сайт не оптимизирован под смартфоны - если, конечно, JS в вёрстке используется (а где сейчас не используется?).
А если какой-то контент средствами JS выводится или обновляется - то его робот не увидит и не учтёт в расчётах.
Стоит пристально изучить, какие JS однозначно стоит роботам показывать, а без каких они могут и обойтись, чтобы не грузить железяку ненужным. Я, к примеру, обычно разрешаю для сканирования все JS скопом.
