Можно создать Custom Build:
https://sublime-text-unofficial-documentation.read...
Что-то вроде этого:
{
"cmd": ["python3.3", "-u", "$file"],
"file_regex": "^[ ]*File \"(...*?)\", line ([0-9]*)",
"selector": "source.python"
}
P.S. Посмотрите в сторону virtualenv