Измеряют, когда явно тормозить начинает. Для этого существует куча библиотек и тулзов -
https://dzone.com/articles/java-performance-troubl...
Ну а самый простой
long startTime = System.nanoTime();
methodToTime();
long endTime = System.nanoTime();
long duration = (endTime - startTime);
или для java8+
Instant start = Instant.now();
Thread.sleep(63553);
Instant end = Instant.now();
System.out.println(Duration.between(start, end)); // prints PT1M3.553S