Я не совсем понял вопрос, в особенности причем тут вируталки. Вы покупаете железо и выбираете ОС для установки на железо? Есть деньги - ставьте винду, но учтите, что лицензировать придется не только саму винду, но и MS SQL. Нет денег - ставьте бубунту и постгрес.
Ставить ли виртуалки или нет - зависит от того, есть ли у вас еще хосты, налажена ли инфраструктура бэкапов и все такое.
Если это просто еще один хост - то конечно ставить гипер, который стоит всюду и не забыть добавить в систему бэкапов.
Если это единственный хост - скорее всего гипер не понадобится. А вот бэкап для 1С точно понадобится
