Почему не переназначает стиль?

Неизвестно, что у вас в стилях написано ещё.
Но предположим, что есть грид в сколько-то там колонок и у него десяток дочерних элементов.
Все эти элементы занимают стандартные свойства и занимают по одной клеточке. Кроме 5го, у которого span 2.

При этом если я сниму с этого "неработающего" grid-column - разметка меняется.

Конечно, меняется.

Ведь пока он не убран, то применяется ко всем .item (если это свойство больше ничем не перебивается), кроме пятого.
Т.е. все элементы должны были попасть в первый столбец. Но туда попали все, кроме пятого, потому что специфичность селектора класс + псевдокласс nth-child выше, чем просто класс.
Когда вы снимаете, как вы называете нерабочее свойство, то оно снимается у всех элементов. И они начинают располагаться по гриду стандартным способом.

Если такого объяснения недостаточно и до конца понимания не пришло, то сотворите песочницу с видимой проблемой на jsfiddle.net, а не только скрины с куском кода для одного элемента.