My WebMoney Linux хранит пароль в открытом виде

Возможно, идёт рассчёт на то, что права доступа на файл должны быть только у владельца аккаунта (например, права 0400 или 0600).
Многие системы так хранят пароли. Ведь файл нельзя прочитать извне стандартными методами кому-то другому.

А иначе даже зашифрованный пароль можно расшифровать, ведь ключ надо будет хранить на той же машине в бинарнике webmoney. То есть, ключ потенциально можно извлечь и тогда шифрованность пароля сильной разницы не будет делать.