С точки зрения "чистоты" ОС от зловредов установка заново и возврат в исходное состояние - пожалуй, да, равноценны (хотя есть и нюансы: защищённость вендорского и майкрософтовского дистрибутивов от заражения, ПМСМ, неодинакова, второй надёжнее).
А по получаемым результатам разница такая - при установке заново получается пустая ОС (совсем без ничего), а при возврате в исходное состояние получается, как правило, ОС, начинённая всякими вендорскими добавками. И большинство пользователей эти добавки потом вычищают.
Так что если вы действительно желаете чистую ОС, то правильнее установить из дистрибутива MS на отформатированный диск.
