Из-за чего ошибка при запуске Certbot?

Вы чем читаете?

файл /etc/apache2/envvars есть

inFureal, я не читаю.
Сделайте ls -lah /etc/apache2/envvars
и
type /etc/apache2/envvars
И скиньте сюда.

# ls -lah /etc/apache2/envvars
-rw-r--r-- 1 www-data www-data 1.8K Jul 16  2019 /etc/apache2/envvars

# type /etc/apache2/envvars
bash: type: /etc/apache2/envvars: not found

inFureal,

www-data www-data

Вот это странновато. Я бы посоветовал сменить владельца через chown, но на ваш страх и риск, потому что не уверен. Скорее всего, доступа нет.

У меня дроплет в digitalocean и по умолчанию там стоит root.
su www-data эффекта не дает, так как пишет что нет такого пользователя

inFureal, chown root:root /etc/apache2/envvars
Но перед этим, кстати, покажите-ка вывод:
cat /etc/apache2/envvars

# envvars - default environment variables for apache2ctl

# this won't be correct after changing uid
unset HOME

# for supporting multiple apache2 instances
if [ "${APACHE_CONFDIR##/etc/apache2-}" != "${APACHE_CONFDIR}" ] ; then
        SUFFIX="-${APACHE_CONFDIR##/etc/apache2-}"
else
        SUFFIX=
fi

# Since there is no sane way to get the parsed apache2 config in scripts, some
# settings are defined via environment variables and then used in apache2ctl,
# /etc/init.d/apache2, /etc/logrotate.d/apache2, etc.
export APACHE_RUN_USER=www-data
export APACHE_RUN_GROUP=www-data
# temporary state file location. This might be changed to /run in Wheezy+1
export APACHE_PID_FILE=/var/run/apache2$SUFFIX/apache2.pid
export APACHE_RUN_DIR=/var/run/apache2$SUFFIX
export APACHE_LOCK_DIR=/var/lock/apache2$SUFFIX
# Only /var/log/apache2 is handled by /etc/logrotate.d/apache2.
export APACHE_LOG_DIR=/var/log/apache2$SUFFIX

## The locale used by some modules like mod_dav
export LANG=C
## Uncomment the following line to use the system default locale instead:
#. /etc/default/locale

export LANG

## The command to get the status for 'apache2ctl status'.
## Some packages providing 'www-browser' need '--dump' instead of '-dump'.
#export APACHE_LYNX='www-browser -dump'

## If you need a higher file descriptor limit, uncomment and adjust the
## following line (default is 8192):
#APACHE_ULIMIT_MAX_FILES='ulimit -n 65536'

## If you would like to pass arguments to the web server, add them below
## to the APACHE_ARGUMENTS environment.
#export APACHE_ARGUMENTS=''

## Enable the debug mode for maintainer scripts.
## This will produce a verbose output on package installations of web server modules and web application
## installations which interact with Apache
#export APACHE2_MAINTSCRIPT_DEBUG=1

inFureal, тогда не понимаю. Пусть кто-то ещё ответит, кто с этим работал. Но проблема, получается, не в Линуксе, хоть это ясно.