Вы сравниваете очень разные вещи.
Bootstrap - CSS фреймворк с адаптивной сеткой и набором готовых компонентов (кнопки, табы, аккордеон и т.д.).
Flexbox - набор CSS свойств для позиционирования элементов.
Вы можете использовать эти все вместе. Более того, в самом Bootstrap сейчас уже используются флексы (и в сетке, и в компонентах).
Если есть задача по быстрому сделать страницу \ лэндинг или сделать прототип интерфейса, то Bootstrap вполне подойдет.
Выбирайте технологии которые лично вам помогают в работе.
