Задача именно использовать PHP, или считать количество запусков? Если только запуски, то и пропишите в кроне что-то такое:
...
0 0 * * * date >> /var/phppass.txt
0 0 * * * date >> php /var/script.php
...
В phppass.txt будет список дат запуска. Их количество и есть искомое.
