Это всё следствия. Пичина в другом. Проверьте что A зиписи правильные и есть, как для домена без www так и для домена с www.
Проверьте, что в конфиге сервера присутствует всё необходимое, что бы правильно обработать запрос к .well-known/acme-challenge
Если всё верно проверка проходит очень быстро и с первого раза...
