Мы в свое время хотели аналогичного, но в результате полностью отказались от использования каких-либо хранилищ данных при решении задачи.
Опишите свою задачу подробнее, вполне возможно, что для нее можно найти более приемлемое решение, чем попытка скрестить Windows и Linux одной файловой системой (мы таких решений не нашли).
